Ο Γιάννης Μαρούδης γεννήθηκε στην Αθήνα στις 23.10.1958. Είναι γιός του ποινικολόγου Κωνσταντίνου Μαρούδη, γεννηθέντος το 1918, που ήταν και αυτός απόφοιτος της Γερμανικής Σχολής Αθηνών το 1937 και της Χρυσούλας, θυγατέρας του Νικολάου Αβραάμ, που διετέλεσε Υπουργός Διακιοσύνης και Ναυτιλίας.
Εισήλθε στο εξατάξιο τότε Γυμνάσιο της ΓΣΑ το έτος 1970 και αποφοίτησε το 1976. Λόγω των υψηλών σχολικών επιδόσεών του η Γερμανική Υπηρεσία Ακαδημαϊκών Ανταλλαγών (DAAD) του χορήγησε υποτροφία για σπουδές στην Γερμανία. Σπόυδασε νομικά στη Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου του Μονάχου (Ludwig-Maximilians-Universität München) από το 1976 έως το 1982.
Σε συνέχεια της εκπλήρωσης της στρατιωτικής θητείας του (1983-1985) άσκησε δικηγορία στην Αθήνα επί τέσσερα χρόνια. Μετά από επιτυχή συμμετοχή στον σχετικό διαγωνισμό, το 1989 διορίστηκε πάρεδρος πολιτικής και ποινικής δικαιοσύνης στο Πρωτοδικείο Πειραιώς. Προήχθη σε Πρωτοδίκη το έτος 1991, σε Πρόεδρο Πρωτοδικών το έτος 2004 και σε Εφέτη το έτος 2011.
Ομιλεί άπταιστα γερμανικά και αγγλικά. Έχει συμμετάσχει σε πλήθος επιστημονικών συνεδρίων στην Ελλάδα και την αλλοδαπή. Από το 1991 είναι έγγαμος με την Αριστέα Σινανιώτη, απόφοιτη του Αρσακείου Ψυχικού, Διδάκτορα του Ludwig-Maximilians-Universität München, καθηγήτρια του Εμπορικού Δικαίου στο Πανεπιστήμιο Πειραιώς και δικηγόρο Αθηνών. Έχουν αποκτήσει δύο θυγατέρες, την Κωνσταντίνα – Αικατερίνη, πολιτικό μηχανικό, MSc TU Delft και τη Στεφανία – Χρυσούλα, αριστούχο της Νομικής Αθηνών.
