Fokion Fotiadis wurde 1951 in Athen geboren. Er ist Absolvent von 1969. Er studierte Wirtschaft an der Universität Freiburg, wo er auch in Ökonometrie promovierte.
1974 begann er seine Laufbahn in Freiburg als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Ökonometrie, während er von 1978 bis 1981 am Institut für angewandte Wirtschaftsforschung in Tübingen forschte bis er zum Mitarbeiter der Europäischen Kommission wurde.
1988 wurde er Leiter der Vertretung der Europäischen Kommission in Bukarest, während er 2006 als Stellvertretender Generaldirektor verantwortlich war für die Europäische Nachbarschaftspolitik und die Beziehungen der EU zu Osteuropa, dem Südkaukasus und Mittelasien, dem Nahen Osten und dem südlichen Mittelmeerraum.
2007 wurde er Generaldirektor der Europäischen Kommission, anfänglich für Seefahrt- und Fischereiangelegenheiten, 2010 in der Generaldirektion Entwicklung und Beziehungen zu den APC-Staaten (Afrika, Karibik- und Pazifikstaaten) und 2011 in der Generaldirektion Entwicklung und Zusammenarbeit der EuropeAid.